日本兵在云南留下种吗？
有，而且不止一个。 昭和62年（1987年），日本文部科学省委托东京大学人文社会科学研究所、日本国立民族学博物馆等机构对日本的种族多样性进行研究，于昭和63年（1988年）发表了《关于现代日本人遗传结构的调查报告》。 这份调查报告称，从统计结果来看，“在日本人中，约有一半以上的个人所拥有的Y染色体基因型属C系，而具有该基因型的男性在外族人群中占50%的比例”；另外，还有18.4%的人所拥有的Y染色体基因型属于N系，而“具有该基因型的男性在外族人群中仅占1%。”
Y染色体是遗传基因中的一种单拷贝基因，一个父亲的Y染色体传递给儿子，因而Y染色体上的基因型代代传承，绝无可能混入外来的基因。所以，从Y染色体上的基因类型就能大致判断男性的祖先来源。 N系和C系分别是亚洲人最常见的两种Y染色体基因型，其中N系主要分布于中国及东南亚诸国，C系则主要分布在东亚及北亚的蒙古民族中。一份研究报告指出，“绝大多数的日本人群(95%)的Y染色体都属于C系，而属于N系的只占5%。”日本的Y染色体的单一性，同时表明了日本人父系祖先的单一性——来自东亚的蒙古高原。
不过，这里的蒙古高原并不单纯指今蒙古国，而是指向更辽阔的地区，即蒙古高原东部的东北地区（含内蒙部分）以及华北地区，也就是匈奴、鲜卑、突厥、蒙古等游牧民族的发源地或重要聚居区。
实际上，早在明治时期日本人就发现了自己的Y染色体特征与蒙古有关，并称之为“胡人血统”。近代以后不少学者也注意到了这一现象，并认为日本人的Y染色体单一性与汉人显著不同（因为汉人的Y染色体属于N系），而与通古斯语族的人的Y染色体特点较为接近。
这份报告还指出了女性的线粒体DNA的特点。所谓线粒体DNA即母系遗传的DNA，由于母亲把线粒体DNA直接传给孩子，而不经过精子混合，因此线粒体DNA很能反映祖先来源的问题。这项研究的检测样本是一名日本女性和一名巴西女性的线粒体DNA，结果发现两者都带有“高加索血统”的特征，这与其他研究者的成果是相符的。