生物工程是系还是专业？
生物工程专业，是本科教育阶段一个比较特殊的存在。 这是因为，它属于理科，但又需要一定的工科功底才能学好；它属于生命学科，但又需要学习较多的化学、物理学知识以及计算机技能（比如基因组学就需要掌握编程技能）。所以，生物工程专业在培养方案上需要兼顾这两方的需求，让学生具备较广的适应性和较好的灵活性。 目前，国内开设计算机辅助药物设计的方向院校并不多，大部分学校或者设置该研究方向，但尚未独立出生物工程专业，或者设立独立的计算机学院，从事药物设计计算的工作者一般都隶属于不同的院系，如药物代谢动力学的研究人员在药学院，分子模拟工作在计算机学院，而基因芯片和蛋白质组学的研究则在生命科学相关院系的实验室里。所以，跨院的交叉课题申报是比较常见的，如“新药发现中的计算化学方法研究”、“基于结构的疫苗设计研究”等，这类项目申报成功几率较大，而且课题经费也相对丰富，能够支持较好的实验条件。
个人认为，生物工程作为一门学科已经较为成熟，并且被广泛认可，但作为一门本科专业还有一些待完善之处。以药物设计研究为例，其涉及的基础理论和应用技术较多，若全部开设成课程，则学生难以掌握好各知识点的连贯性而导致所学内容散乱，若只挑选重要内容开设课程，又可能使学生缺乏对整个研究方法体系的把握。现在各个高校申报的国家自然科学基金项目中有相当一部分属于生物医药领域，这些项目的立项依据大多围绕学科发展的需求和研究生的培养目标设定，所以在今后的几年里，随着国家基金项目的实施，生物医药领域的科研能力和水平会得到很大的提高，相应的，对生物工程专业本科生和研究生的素质要求也会水涨船高。