这个还是要具体问题具体分析，从历史传统上来讲的话， 化学这个专业分两个方向，一个是研究型的，一个是应用型的，在日本也是一样的， 一般把以科研为主的大学简称叫做(げんかい)比如东京大学的理学部，京都大学的文学部等等， 以应 用型为主的高校统称叫做(ぎょうかい)，代表学校有广陵学院大学、东海大 学等；
现在日本大学都实行综合评定的办法来排名的，所以很难具体的说那个学校 的化学专业最厉害，但是就整体水平上来说，还是东大和京大这两所国立的大学 在全国是最厉害的。
另外因为日本的硕士是没有奖学金制度的（除了国费留学生以外）， 所以读硕士的时候都是要交学费的，而两所以上的私立大学比国立大学的学费都要贵一些。
比如说横滨国立大学和名古屋工业大学虽然也是国立大学，但是因为设有工学科所以会比其他学校的学费便宜很多，而且在这两所学校就读的话，宿舍费用也是很便宜的，只需要一个月3千日元左右就可以。
左晰莲优质答主在日本，化学专业修士（硕士）最好的大学有几种不同的评价方法，但最常见的方式是查看日本大学排名前几位的大校。其中，东京大学、京都大学、大阪大学、东北大学和名古屋大学等都是非常优秀的大学，拥有世界一流的化学研究机构。
1. 东京大学：作为日本最顶尖的大学，东京大学的理科和工程学院都是非常出色的。在化学专业，东大的教授们进行着丰富的基础研究和应用研究，涉及有机化学、无机化学、物理化学、生物化学等众多领域。
2. 京都大学：京大都拥有世界一流的研究院，其在化学专业方面的研究也非常出色。该校的教授们在纳米技术、光电子学、材料科学等领域都有重要突破。
3. 大阪大学：大阪大学的理学研究科在各个领域都有很高的声誉，尤其在化学专业。该校的化学教授们在超临界流体、多孔材料、生物化学等方面都有着出色的研究成果。
4. 东北大学：作为日本顶级的国立大学之一，东北大学的理学研究科也在化学专业方面有很大优势。该校的化学教授们致力于开发新型光电子器件、生物医用材料等。
5. 名古屋大学：名古屋大学在日本大学中排名第二，其理学研究科的化学专业也非常强大。名大化学教授们在绿色化学、能源材料、生物化学等方面都有重要突破。当然，还有很多其他大学在化学专业方面也具有很高的水平，如北海道大学、筑波大学、东京理工大学等。在选择留学日本的专业和大学时，需要根据个人的兴趣、职业规划和实际能力来进行选择。
